Falleció en la madrugada del 19 de septiembre de 2010, en el Hospital Migue de Sevret de Zaragoza, a la edad de 75 años, a causa de un cancer de prostata que le fue diagnosticado en el año 2006, y que le obligó a permanecer postrado en casa los últimos meses de su vida.
A lo largo de su vida se le distinguio por su obras musicales (Canto a la libertad) o alguno de sus numerosos poemas , aunque se le conoce principalmente por su carrera politia amplia en la participoi en partidos como (PSOE) y (Chas) por el que fue su unico representante en el parlamento español.
Gracias a su labor por al lucha de los derechos humanos y libertades del pueblo se le han sido reconocidos muchos medallas como:
Medalla de Aragón
Es el máximo galardón de la Comunidad. Su objeto es reconocer y prestigiar la labor de personas físicas o jurídicas, o de organizaciones, centros o colectivos de pública y reconocida identidad social, en la defensa de los valores e identidad aragoneses. Le fue concedida a título póstumo, y entregada el 20 de septiembre de 2010.
Orden de Saurí
El gobierno de Nicaragua concedió a José Antonio Labordeta la Orden de Saurí en 2003, su máxima distinción nacional.
Medalla de Oro al Mérito en el Trabajo
El consejo de ministros del viernes 4 de diciembre de 2009 acordó conceder la Medalla de Oro al Mérito en el Trabajo a José Antonio Labordeta; reconociendo su labor y trayectoria como profesor, cantautor, escritor, presentador y diputado por Chunta Aragonesista (CHA) en el congreso de los diputadosdurante dos legislaturas.
Doctor Honoris Causa por la Universidad de Zaragoza
El 23 de marzo de 2010 la Universidad de Zaragoza llevó a cabo la investidura de José Antonio Labordeta como Doctor Honoris Causa.
Gran Cruz de la Orden de Alfonso X el Sabio
El 6 de septiembre de 2010 le fue entregada la Gran Cruz de la Orden Alfonso X el Sabio otorgada por el Gobierno de España.
